プレイヤーカード集めたカードを３０枚まで編集して、戦闘に使用します。それぞれのクリーチャーはその属性や行動タイプによって、様々な動きを見せます。カードの特徴をつかみ、プレイヤー独自のデッキを組んで戦闘に挑むことがＲＵＮＥの醍醐味になります。またカードの中には、組み合わせて使うと効果が強力になる【コンボ】や、敵クリーチャーを封印し手持ちのカードに加えられる【キャプチャースロー】など戦略性やコレクト要素を深めるシステムが展開していきます。

青い妖精リーと赤い妖精リムはゲーム中プレイヤーに様々な効果を与えてくれます。動きの早いリーはつかまえると、体力回復や魔法石の回復、使用済みカードの回復などの効果があります。また赤い妖精は、話しかけるとヒントを教えてくれます。

黒い霧の侵略から自国を護る主人公カティアの冒険は、奥深い設定と共に進んでいきます。行く手を阻むライバルキャラクターや五王国の王様、妖精やカードの売買も行なう骨董屋の店主など多数のキャラクターが登場します。また、本編とは別にサブマップの出現もあり、豊富かつ広大なフィールドで物語を織り成します。